Estructura del FOGGA
Organigrama
- Subdirección General de Gestión de la PAC
- Servicio de Auditoría Interna de los Fondos Agrarios Europeos
- Delegaciones territoriales del FOGGA
Le corresponden las funciones de apoyo técnico y administrativo de la dirección del Organismo y, en general, el ejercicio inmediato de las funciones administrativas, organizativas, económico-financieras, de asesoramiento e inspectoras, la ejecución y contabilización de los pagos con cargo al FEAGA y al FEADER, además de las que singularmente le pudieran encomendar o delegar los órganos de dirección del FOGGA. Para el ejercicio de sus funciones, la Secretaría se estructura en los dos servicios siguientes:
- Servicio de Gestión Económica
Le corresponde la gestión del presupuesto del organismo, de su tesorería y de la contabilidad, así como la ejecución y contabilización de todos los pagos y el registro de las operaciones con cargo a los fondos FEAGA y FEADER. Le compete también la gestión de la contratación administrativa. - Servicio de Gestión Administrativa
Les presta apoyo y asesoramiento a todas las unidades del Organismo. Le corresponde la instrucción de expedientes sancionadores y recursos administrativos, la gestión del inventario del FOGGA y de su patrimonio, la elaboración de anteproyectos normativos y de planes y programas de actuación del FOGGA, y la gestión del personal, tanto funcionario como laboral adscrito al Organismo y su régimen interior y control interno.
2. Subdirección General de Gestión de la PAC 
Le corresponde, bajo la dependencia del director del Organismo, la realización de las funciones necesarias para la aplicación de la PAC en el sector agrícola y ganadero, respecto de las ayudas y subvenciones con cargo al FEAGA y en el que relaciona a las medidas de intervención y regulación de mercados de las distintas Organizaciones Comunes de Mercados (OCM), con cargo a dicho fondo.
Para el ejercicio de sus funciones, la Subdirección General de Programas FEAGA se estructura en los tres servicios siguientes:
- Servicio de Ayudas Agrícolas de la PAC
Le compete el ejercicio de las acciones necesarias para la aplicación en Galicia de la PAC en materia agrícola, especialmente aquellas con cargo al FEAGA y la gestión de los planes de ayudas de las distintas OCM agrícolas. - Servicio de Ayudas Ganaderas de la PAC
Le corresponde el ejercicio de las acciones necesarias para la aplicación en Galicia de la PAC en materia ganadera, especialmente aquellas con cargo al FEAGA y la gestión de los planes de ayudas de las distintas OCM ganaderas. - Servizo de Ayudas Complementarias
Le corresponde la gestión de las ayudas a la renta de las personas titulares de las explotaciones agrarias en el marco de los programas de desarrollo rural, y de las medidas en relación con la mejora del ambiente y del entorno rural para la utilización sostenible de las tierras agrícolas, principalmente indemnizaciones por dificultades naturales, ayudas agroambientales y ayudas al bienestar de los animales. - Servicio de Apoyo al Sector Lácteo y Mercados Agrícolas
Realiza operaciones de compra, venta y almacenamiento de productos en regímenes de intervención, se encarga de la gestión de otras medidas de la aplicación de las distintas OCM, en particular las correspondientes al sector de la leche y de los productos lácteos.
3. Servicio de Auditoría Interna de los Fondos Agrarios Europeos 
Depende directamente del director del FOGGA, y le corresponde asegurar el efectivo funcionamiento del sistema de control interno del organismo pagador de los gastos relacionados con la política agrícola común, y de los demás órganos o entes integrados en el organismo pagador o que gestionen fondos FEAGA y FEADER. Verifica si los procedimientos adoptados por éstos son adecuados y asegura su conformidad con la reglamentación comunitaria, y que la contabilidad es precisa, completa y realizada a tiempo, informando a la dirección del organismo pagador y poniendo sus programas e informes de control a disposición del organismo de certificación y de otros órganos de inspección y control de la Unión Europea.
4. Delegaciones territoriales del FOGGA 
Existentes en cada una de las provincias de Galicia, son titulares los delegados y delegadas de la Consellería do Medio Rural e do Mar. En cada provincia contará con un Servicio Provincial Provincial del FOGGA.